Empúries:

És una colònia grega fundada cap al 600 a.C. Durant el s. II a.C., els romans instal·len un campament militar permanent al costat de la ciutat grega, per lluitar en la segona guerra Púnica contra els exèrcits Anníbal que conserva la seva independència,per controlar el port i el territori. D'aquest campament militar en queden restes del pretori al nord del fòrum: murs, paviment, grans cisternes i sitges.

A principis del s. I a.C. el campament militar del costat d'Empòrion es va convertir en una ciutat, poblada per itàlics i independent de la grega. A mitjan segle I a.C. va rebre colons romans veterans de Juli Cèsar i després, en un moment desconegut durant el període que va des de Cèsar fins a August, va ascendir a la categoria de municipium. Paral·lelament les muralles que separaven els dos nuclis urbans, el grec i el romà, van ser enderrocades i un nou tram murari va unir les dues ciutats en una de sola. 

La ciutat d'Empúries va ser projectada ex nouo en gran part seguint els cànons urbanístics de les colònies romanes: a partir de les estructures militars es va traçar la xarxa de carrers en la usual quadrícula de cardines i decumani. Després es va envoltar de la muralla i tot seguit es va començar a aixecar el fòrum. El Cardo Maximus unia el fòrum i la porta principal del sud, l'única conservada. 

                        

-Palaiòpolis:

Paliàpolis es troba actualment unida a terra ferma. En aquesta antiga península, avui es troba el poble medieval de Sant Martí d'Empúries. Aquesta zona amb prou feines ha estat excavada, ja que des de l'antiguitat ha estat habitada. Sembla que després de la fundació de la Neàpolis, la Paliàpolis es va fer servir com a Acròpoli (fortalesa i temple).

                                         

-Neàpolis:

La Neàpolis era un recinte emmurallat formant un rectangle molt irregular de 200 x 130m, el port se situava al nord. Durant la segona meitat del segle II aC, i gran part dels blocs de calcària que la formen, provinents d'una muralla grega anterior del segle IV aC, s'han trobat a uns vint-i-cinc metres cap a l'interior de la ciutat. La muralla es va desplaçar el segle II aC, a causa de la necessitat de guanyar espai per a construir un conjunt de nous temples. La nova muralla, la del segle II aC, està flanquejada per dues torres quadrangulars i l'angle sud-occidental estava protegit per un important baluard. 

Aquesta fortificació i la torre del segle V aC trobada a la zona sud de la ciutat degueren formar part d'un complex defensiu anterior a l'edificació de la muralla del segle IV aC.